U kraljevstvu Earlshide Merlin Vulford je svojevremeno smatran nacionalnim herojem, pozdravljan i zbog svoje moći i postignuća. Međutim, preferirajući miran život, osamljuje se duboko u seoskoj šumi, posvećujući svoje vreme odgajanju siročeta koje je spasio. Ovo siroče je Shin, uobičajeni platiša u savremenom Japanu, koji se reinkarnirao u Merlinov svet, a da je i dalje zadržao svoja prošla sećanja. Kako godine prolaze, Shin pokazuje neuporediv talenat i u korišćenju magije i u borilačkim veštinama, na veliko Merlinovo stalno čuđenje.
Na njegov 15. rođendan, međutim, postaje očigledno da je Šin samo razvio svoje borbene veštine i ništa drugo, ostavljajući mu očitu socijalnu nespretnost, nedostatak zdravog razuma i osrednji osećaj odgovornosti. Kao rezultat toga, Shin se upisuje u Magičnu Akademiju kraljevstva da bi usavršio svoje veštine i sazreo među ostalim tinejdžerima. Međutim, normalan život je nemoguć, pošto se kao lokalna poznata ličnost utvrdi gotovo čim stigne.
Kenja no Mago prati srednjoškolski život Shin Vulforda u prestonici dok sklapa nova prijateljstva, uči o svetu i bori se protiv različitih sila zla koje okružuju njega i njegov grad.
