Nakon katastrofalnog rata protiv rase divova poznatih kao Zentradi, čovječanstvo je pobjeglo prema centru galaksije na floti kolonijalnih brodova nazvanoj Macross Frontier. Kako se vanzemaljska prijetnja sve više zaostaje, život na Macross Frontieru teče uobičajeno.
2059. godine, mladi pripravnik za mehaničkog aviona po imenu Alto Saotome i njegove kolege pripremaju se da izvedu prateću rutinu za poznatu pjevačicu Sheryl Nome, koja je došla na koncert u Macross Frontier. Tokom izvedbe, biomehanička vanzemaljska vrsta poznata kao Vajra iznenada se pojavljuje, probijajući se kroz obrambeni obod koji okružuje plovilo i slijećući u blizini mjesta održavanja koncerta, bacajući cijeli grad u haos. Dok se svirači koncerta evakuiraju, mlada djevojka po imenu Ranka Lee ostaje iza i na meti je Vajre, ali je u zadnji trenutak spašava Alto. Nakon ovih događaja, program Strateške vojne službe primjećuje Altoovu vještinu u borbi, što je rezultiralo njegovim regrutiranjem za borbu protiv nove vanzemaljske prijetnje.
