Privatna akademija Seikjou, izgrađena na intrigi tradicionalnih okultnih mitova, nosi mračnu prošlost – već 60 godina progoni je duh poznat kao Iuuko, mlada žena koja je misteriozno umrla u podrumu stare školske zgrade. Bez sećanja na svoj život ili smrt, Iuuko diskretno pronalazi i vodi Klub za istraživanje paranormalnih pojava u potrazi za odgovorima.
Slučajan susret navodi Juko da se drži vrednog brucoša Teičija Niije, koji može da vidi čudnog duha, oni se brzo zbližavaju i on odlučuje da joj pomogne. Zajedno sa Kirie Kanoe, Iuukoinom rođakom, i nesvesnim drugogodišnjakom Momoeom Okonogijem, oni zaranjaju duboko u zloglasnih Sedam misterija škole.
Tasogare Otome k Amnesia priča jedinstvenu priču o učenicima koji zajedno rade na rasvetljavanju paranormalnih dešavanja u njihovoj školi, sve vreme se približavajući istini koja stoji iza Iuukine smrti.
