U postapokaliptičnom svijetu, posljednje preostalo ljudsko naselje u Japanu je teško utvrđeni grad Tokio-3. Četrnaestogodišnjeg Shinjija Ikarija dovodi u sjedište Nerva, podzemne organizacije koju vodi njegov otuđeni otac Gendou. Zahtijeva da Shinji postane pilot “Evangeliona”, kolosalnog androida izgrađenog za borbu protiv čudovišnih i destruktivnih vanzemaljskih bića poznatih kao “Anđeli” koja razaraju planetu i prijete opstanku preostale ljudske rase.
Iako je u početku bio nevoljan, Shinji je potaknut idejom da se pomiri sa svojim ocem i pristaje pomoći u opasnom pothvatu čovječanstva protiv njegove vanzemaljske prijetnje, kao pilot Evangelionske jedinice-01. Gurnut usred opasnog bojnog polja, Shinji mora pronaći potrebnu hrabrost i odlučno se suprotstaviti upadima Anđela prije nego što bude prekasno.
