Rat svetog grala bitka je između sedam čarobnjaka koji služe kao Učitelji. Gospodari, pomoću zapovjednih pečata koji im se daju kad uđu u rat, zapovijedaju Herojskim duhovima poznatim kao Sluge da se bore za njih u bitci. U Petom ratu za Sveti gral, Rin Toosaka je među magima koji ulaze u natjecanje. Sa svojim slugom Archerom nada se da će dobiti konačnu nagradu – Sveti gral, čarobni artefakt koji svom vlasniku može ispuniti bilo koju želju.
Jedna od Rinovih školskih kolegica, Emiya Shirou, slučajno uđe u natjecanje i na kraju zapovjedi svojim slugom poznatim kao Sabre. Dok se suočavaju s međusobnim neprijateljima, Rin i Shirou odlučuju stvoriti privremeni savez dok izazivaju svoje protivnike u ratu Svetog grala.
Usred Petog rata za sveti gral, Caster pokreće svoje planove, počevši s zauzimanjem Shirouove sablje sluge. S vješticom koja postaje sve moćnija, Rin i Archer utvrđuju da ona predstavlja prijetnju s kojom se mora odmah suočiti. Ali kako se odnos snaga u ratu počinje mijenjati, Gospodar i Sluga nalaze se hodajući odvojeno.
U međuvremenu, unatoč tome što je izgubio Slugu i posrnuo od ozljeda, Shirou ignorira Rinovo upozorenje da napusti bitku, prisiljavajući se na borbu protiv Castera. Odlučan da pokaže svoju odlučnost u svojoj volji za borbu, Shirouov potencijal da postane zaštitnik naroda stavljen je na kušnju.
Usred krvoprolića i kaosa, motivacije svakog Učitelja i Sluge polako se otkrivaju dok žrtvuju sve da bi izašli kao pobjednik i zatražili Sveti Gral.
