Srednjoškolac i igrač Suigin Riku pohađa prestižnu privatnu akademiju Shinryou, školu za elitu i djecu bogatih. Ali bogat ili bogat nisu riječi koje opisuju Suigin; zapravo je siromašan zemljom i mora raditi puno honorarnih poslova da bi platio školarinu. Tijekom jednog takvog posla zaroni u bazen kako bi spasio mačku, potpuno svjestan da ne može plivati. Srećom, spasila ga je Rei Riku, prelijepa i popularna kći programera igara, i on se zaljubio u nju.
Privlači ga i druga devojka: novi prijatelj kojeg upoznaje u Dungeon Centuryu, svom omiljenom RPG-u na mreži. Ali kad se igra zatvori, on zna da će se njegove avanture s njom uskoro završiti. Međutim, dan nakon što je igra zatvorena, saznaje da su Rei i internetska djevojka jedno te isto. Ubrzo nakon toga, Rei daje Suiginu novu igru koja treba zamijeniti Dungeon Century – raciju grobnice pod nazivom Grave Buster. Ali kad je Rei iznenada oteta, Suigin je uvučena u Grave Buster da je spasi.
Gin no Guardian prati Suigina dok igra kroz Grave Buster da spasi Rei, dok otkriva tajne skrivene u igri.
