2021. godine parazitski virus poznat kao „Gastrea“ zaražava ljude i pretvara ih u čudovišta. Ono što je ostalo od čovečanstva sada živi unutar Monolit zidova, zidova napravljenih od Varanijuma, jedinog materijala koji može naštetiti Gastreau.
Da bi se suprotstavili prijetnji koju Gastrea predstavlja, „Prokleta deca“ – ženska deca čija tela sadrže tragove virusa koji im daju nadljudske sposobnosti – zvanično nazvani Inicijatorima od Tendo Civil Security, daju partnere pod nazivom Promotori, ljudi koji rade da bi vodili i zaštiti mlade Inicijatore. Ova dva tima su poslana u misije da se bore protiv čudovišta stvorenih virusom Gastrea i drže ih na odstojanju.
Black Bullet se vrti oko tima Enju Aihare, inicijatora i Satomi Rentara, promotora, koji idu u misije da se bore protiv rastuće pretnje Gastrea u svom rodnom gradu Tokiju.
