Ren Amamiia, novi student transfera na Akademiji Shujin, poslan je u Tokio da živi sa porodičnim prijateljem Sojiro Sakura nakon što je pogrešno odveden na uslovnu slobodu zbog odbrane žene od seksualnog napada. Dok je bio na putu da prisustvuje prvom danu u svojoj novoj školi, Ren primećuje da mu se na telefonu pojavila čudna aplikacija koja ga prebacuje u svet poznat kao Metaverse, koji sadrži „senke“ ljudi: iskrivljene prikaze njihovog stvarnog ja. U Metaverse-u budi svoju Personu, moć iznutra koja mu daje snagu da se bori protiv senki. Uz pomoć učenika sa sličnim problemima, on formira Fantomske kradljivce srca, pokušavajući da ih "oduzme srcu" spasi ljudi od njihovih grešnih želja, čineći zlikovce da se kaju zbog svojih postupaka i okreću novi list. Ugled grupe i dalje eksplozivno raste, donoseći slavu i pozitivnu i negativnu. Međutim, tokom vrhunca njihove popularnosti, Ren biva uhvaćen i odveden u pritvor. Ovde se budi na oštro ispitivanje, ali to je prekinuto dolaskom Sae Niijima - tužioca koji traži odgovore. Kako će ona reagovati na njegovu priču i šta će biti sa Fantomskim lopovima?